微生物多樣性測序是基于二代高通量測序技術對樣品中的優勢物種、稀有物種以及一些未知的物種進行檢測，獲得樣品中的微生物群落組成以及它們之間的相對豐度。具有低成本、高通量、流程自動化等優勢。
一、樣本類型
涵蓋土壤、污泥、發酵、油污、空氣、口腔、糞便、海泥、母乳、動植物內生菌、積雪、巖石、根基共生等，幾乎存在微生物的各種樣品均可進行試驗。
二、擴增子測序
1、16S rRNA測序（細菌多樣性研究）
2、18S rRNA測序（真核微生物多樣性研究）
3、ITS測序（真菌多樣性研究）
16S rRNA 位于原核細胞核糖體小亞基上，包括 10個保守區和9個可變區，保守區在細菌間差異不大，可變區具有屬或種的特異性，隨親緣關系不同而存在差異。16S rDNA適用于細菌系統發育和分類鑒定的指標。
16S rDNA擴增子測序，通常是選擇1-2個可變區，利用保守區設計通用引物進行 PCR 擴增，再對可變區進行測序分析和菌種鑒定。
16S rDNA擴增子測序技術是研究環境樣品中微生物群落結構組成、挖掘樣品之間差異的重要手段。同理18S rRNA 和ITS測序分別是針對真核微生物和真菌多樣性研究的分類鑒定手段。
實驗流程：樣品準備、DNA提取、DNA檢測、PCR擴增、產物純化、文庫制備、文庫質檢、上機測序、生信分析。
三、宏基因組測序
2005 年，加州大學伯克利分校的 Kevin Chen 和Lior Pachter 將宏基因組定文為“應用現代基因組學的技木直接研究自然狀態下的微生物的有機群落，而不需要在實驗室中分離單一的菌株”的科學。宏基因組測序是以特定生境中的整個微生物群落作為研究對象，提取環境樣本總 DNA，獲得環境微生物基因信息總和，研究環境微生物的群落結構、物種分類、基因功能及代謝網絡等，具有通量高、速度快、信息全等特點，在鑒定低豐度的微生物群落、挖掘更多基因資源方面具有很大優勢。
實驗流程：樣品準備、DNA提取、DNA檢測、文庫制備、文庫質檢、上機測序、生信分析
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